O enredo de Batman: Arkham Origins se passa no segundo ano da carreira do herói. Eric Holmes, diretor criativo do game, disse ao site VG247 que Batman está foragido graças a desavenças com o Comissário Gordon. A polícia em geral é corrupta e Gotham está repleta de criminosos. A história tira inspiração dos quadrinhos Ano Dois, publicados em 1987, e mostram um herói em amadurecimento.


Na demo testada pela equipe do site, Batman persegue o Vagalume, que tenta emboscar o herói para conseguir a recompensa que o Máscara Negra prometeu a quem capturar o Morcego.


Eric Holmes revelou que Arkham Origins mostrará o momento em que Batman e Coringa se encontram pela primeira vez. Mas o palhaço não será o vilão principal do game.


Também foi testado o modo "1 vs. 100". Nele, o jogador pode assumir o comando de Batman ou do Exterminador
- o vilão se move mais devagar e usa um cajado, pistolas e bombas.
Na modalidade, o objetivo é sobreviver a uma luta com 100 inimigos.


A história se passa na véspera de Natal, anos antes dos acontecimentos em Batman: Arkham Asylum, quando o chefão mafioso Máscara Negra contrata oito dos super-vilões do universo DC Comics - entre eles Exterminador, Pistoleiro, Bane, Copperhead e Vagalume- para matar o vigilante.


O sistema de combate conhecido da franquia inclui novas habiliades,
táticas e outros tipos de inimigos. Metade do jogo se passa em "Old
Gotham" e a outra em "New Gotham", que é descrita como um lugar com
imensos arranha-céus e com o dobro do tamanho da primeira. Será possível
destruir torres de redes hackeadas que bloqueiam o voo do Batwing,
param os sensores e diminuem as habilidades de Batman em pontos
estratégicos do mapa.