Em Resonance of Fate, o mundo mudou drasticamente. O Planeta Terra se encontra em uma bola de gás nocivo aos humanos. Porém, um dia chega aos céus um gigantesco purificador de ar conhecido como Bazel e à sua volta, desenvolveu-se uma população que é nitidamente separada entre castas mais e menos favorecidas. No controle de um grupo paramilitar, você assumirá várias missões relacionadas à história principal e também paralelas.